SARS CoV-2 Varyant Saptama testi COVID-19 enfeksiyonu olan bireylerden alınan solunum yolu örneklerinde SARS CoV-2'nin güncel üç varyantının ayırt edilmesini sağlayan bir gerçek zamanlı PCR (RT-qPCR) testidir.

Bu test ile tüm SARS-CoV-2’lerde bulunan Orf1ab gen bölgesinin yanısıra yalnızca B.1.1.7, B.1.351 ve P.1'de bulunan varyant spesifik genom bölgeleri de hedeflenmektedir. Bu nedenle hem SARS CoV-2 doğrulanmakta hem de varyantların ayırt edilmesi sağlanmaktadır

Bu nedenle “C8780224 kodlu SARS –CoV-2 Varyant Saptama testi “  C8780222 kodlu “SARS-CoV-2 RNA(PCR) testi “ nin pozitif olması durumunda istenmelidir. 

COVID19 enfeksiyonu etkeni olan SARS-CoV-2 virüsünde  gelişen  mutasyonların dünyada hızla yayılmakta olduğu görülmektedir. Güncel olarak üzerinde durulan üç varyant (B.1.1.7, B.1.351, P.1) bulunmaktadır. Bu varyantlar SARS-CoV-2’nin hücreye tutunmasından sorumlu diken proteinini kodlayan S geninin kritik noktalarında benzer değişiklikler içermektedir.  B.1.1.7, B.1.351 ve P.1 SARS-CoV-2 soylarının kısa sürede test edilebilmesi epidemiyolojik olarak bilgi ve katkı sağlamaktadır.

B.1.1.7, İngiltere’de COVID-19 enfeksiyonu oranındaki önemli artışla ilişkilidir ve önceki varyantlardan % 70'e kadar daha fazla bulaşıcı olabileceği bildirilmiştir. S geninde gelişen N501Y mutasyonu ACE 2 reseptörüne affinitede artışa yol açmıştır.  Ek olarak Del 69/70, P681H delesyonları ve ORF8 Q27 stop mutasyonu bulunmaktadır.  Spike N501Y, B.1.1.7'nin diğer mutasyonları arasında özellikle önemlidir çünkü S proteininin reseptör bağlanma alanının (RBD) C-terminalindedir. 

B.1.351: Şu anda Güney Afrika’da baskın hale gelmiş olan bu varyant N501Y mutasyonuna ek olarak K417N ve  E484K mutasyonları taşır. Bu varyantın daha yüksek bir viral yük ile ilişkili olduğu, bununda bulaşma potansiyelini yükselttiği rapor edilmiştir. Spike E484K varyantlarının nötralize edici antikorlardan kaçabildiği bildirilmiştir. İlk çalışmalar bu varyantın doğal enfeksiyon ve aşılama sonrası gelişen antikorlar tarafından nötralizasyona karşı dirençli olabileceğine işaret etmektedir. Ayrıca bu mutasyonların tedavi amaçlı kullanılan bazı monoklonal antikorların etkinliklerini azalttığına dikkat çekilmektedir. Moleküler dinamik simülasyonlar, E484K, K417N ve N501Y mutasyonlarının bir arada bulunmasının, tek başına N501Y mutasyonundan daha önemli konformasyonel değişikliklere yol açabileceğini işaret etmiştir. Mevcut aşılardan birinin B.1.351'den kaynaklanan COVID-19 enfeksiyonlarına karşı sınırlı koruma sağladığı da bildirilmiştir. Hastalığın seyri ile ilgili bir değişikliğe yol açıp açmadığı ise henüz belirsizdir.

P.1 (B 1.1.28): Brezilya’nın Amazon eyaletinde yaygın halde bulunan bir varyanttır. B.1.351 soyuna benzer olarak N501Y mutasyonuna ek olarak, E484K mutasyonlarını taşır. Buna bağlı olarak yine benzer olarak nötralize edici antikorlardan kaçabildiği bildirilmiştir. Daha önceden enfeksiyonu geçirmiş kişiler arasında yayılabilme olasılığından dolayı yüksek riskli görünmektedir. 

Yeni varyantların taşıyıcılarının ülke sınırlarına girişi engellenmeli, tespit edilen vakalar için filyasyon çalışmaları hızlandırılmalı ve daha spesifik karantina koşulları oluşturulmalıdır. Bu da ancak şüpheli vakaların kısa sürede test edilmesi ile mümkündür.